在历史上，C 语言的实现差异很大，而且许多系统缺乏 ANSI/ISO C89 的完整实现。然而，现在所有实际的系统都有 C89 编译器，而 GNU C 支持几乎所有 C99 和一些 C11 的特性。类似地，大多数系统实现了 POSIX.1-2001 库和工具，并且许多系统拥有 POSIX.1-2008。
因此，几乎没有理由支持旧的 C 语言或非 POSIX 系统，您可能希望利用标准的 C 和 POSIX 来编写更清晰、更易移植或更快的代码。您应该尽可能使用标准接口；但是，如果 GNU 扩展使您的程序更易于维护、更强大或更好，请不要犹豫使用它们。无论如何，不要自己声明系统函数；这会引发冲突。
尽管有标准，几乎每个库函数在某些系统上都存在某种可移植性问题。以下是一些示例：
open在许多平台上，带有尾随 / 的名称处理不当。
printflong double 可能未实现；浮点值 Infinity 和 NaN 通常处理不当；高精度的输出可能不正确。
readlink可能返回 int 而不是 ssize_t。
scanf在 Windows 上，失败时不会设置 errno。
Gnulib 在这方面有很大帮助。Gnulib 在许多缺乏标准接口的系统上提供了标准接口的实现，包括增强的 GNU 接口的可移植实现（从而使其使用具有可移植性），以及 POSIX-1.2008 接口，其中一些接口即使在最新的 GNU 系统上也缺失。
Gnulib 还提供了许多有用的非标准接口；例如，标准数据结构（哈希表、二叉树）的 C 语言实现、用于内存分配函数的错误检查类型安全包装器（xmalloc、xrealloc）以及错误消息的输出。
Gnulib 与 GNU Autoconf 和 Automake 集成，以减轻程序员编写可移植代码的负担：Gnulib 使您的配置脚本自动确定缺少哪些功能，并使用 Gnulib 代码来提供缺失的部分。
Gnulib 和 Autoconf 手册都有关于可移植性的广泛章节：在 Gnulib 中查看 Introduction，在 Autoconf 中查看 Portable C and C++。请参考它们以获取更多详细信息。